进行战略研究、顶层设计的组织主体，主要是国家有关部门和地方各级政府。中国的新城区规划建设是国家和政府主导的，战略研究的组织主体应当由国家有关部委和地方各级政府负责。因为一个地方的长远计划，土地、资金等生产要素，规划的控制和管理，都在政府掌握和支配之中。由于政府的职能所要求，必须管长远，管大事，管公共事业，管民生。这样，规划出来的新城区才能统筹兼顾，远近结合，社会效益、经济效益、政治效益、生态效益、景观效益相互结合，整体统一。在现代社会，在中国，其他任何社会组织，都取代不了政府的这个职责，都难以发挥政府的重要作用。而任何投资企业、尤其是一些以经营赚钱为主要目的的各类企业，往往是把近期经济利益放在第一位，看得很重，不能很好地统筹长远发展，兼顾各个方面利益，难以保证新城区的整体效果和持续发展。英国政府在上世纪接管由一些投资公司规划建设的新城时，发现很多设施不够配套、物业管理不到位等方面的问题。存在决定意识，屁股决定脑袋，位置决定责任。由于主体单位职能不同、目的不同，所以在计划要达到的目标和途径上，也会有所不同。英国的政府新城投资公司尚且如此，何况一些社会投资开发企业。
具体战略研究主体，很多新城区在启动前，地方政府请一些专业的规划设计单位，搞前期战略研究。这样做的好处是，前期战略研究与接下来的规划设计，所涉及的两项工作往往是一个院校和研究所承做的，或者说就是一个团队负责，人员对新城区的情况熟，便于前后衔接，省时省力。但是，现在一些专业的规划设计单位人员的专业结构，偏向于空间规划，对空间规划设计熟悉，对于经济、社会、文化、旅游等方面的知识缺乏，对城市和新城区的分析报告，常常抄写当地政府负责人的一些讲话，摘抄一些文件，凑一些名词术语。搞出来的战略研究综合性、针对性、可操作性不强，创新性差，难以创新出高水平、高质量的新城区发展战略。
也有的城市，请一些营销策划机构，开展新城区的战略研究。这类机构视野新，提炼水平高，常常有煽动性和激励性，但往往没有丰富的经济、社会知识，没有城市投资开发的实践经验，没有扎实的规划设计方面的专业知识。做出来的战略研究，定性的东西多、定量的分析少；说理的、空洞的多，实用的、落地东西少；战术、策略的东西多，战略的、宏观的东西少。战略成果往往被束之高阁，难以应用。
还有的城市，委托有实力的综合院校，作新城区战略研究。宁波杭州湾新区启动时，委托宁波大学进行了战略研究。宁波大学由学校主要负责人程刚牵头，组织了区域、经济、金融、规划、生态等方面的专家，经过10个月的时间，完成了系统的研究成果，对指导杭州湾开发建设，具有重要的指导意义。但是，仔细品味，仍然是宏观的多、重复的多，距离实际操作有一定的距离。
还有的一些城市，请国内或国外的综合研究机构作战略研究。如中国国家发展改革委员会的宏观经济院，是国家以改革研究和咨询为主，为国家宏观经济和社会发展决策服务，同时为各级地方政府和各行业提供决策咨询服务的研究机构，研究力量强，对经济、社会把握得好，成果应用价值大。当然，可能在城市规划设计方面是短腿。
实践告诉我们，任何一家规划设计单位都有自己的强项和不足，“寸有所长，尺有所短”。有些规划设计单位空间规划力量强一些，有些产业规划是优势，总体力量和综合水平高的单位凤毛麟角。政府在选择新城区战略研究单位时，最好是把有关的战略研究项目分课题、分项目，分别请有关单位来做，最后再确定一个单位进行融合、汇总。如经济社会发展战略研究、产业发展研究，请一些研究国家和城市经济社会发展的研究单位来做。空间布局规划，请一些规划设计单位进行。中国广州中新知识城，产业规划邀请国家发改委宏观经济研究院编制，概念规划有新加坡“规划之父”之称的刘太格领衔设计。这样，分项作的战略研究和规划应当是高水平的，再科学地组织合成、综合，应当是一个高水平的战略方案。
竞争是发挥智慧才能、体现实力水平的好办法，比较是筛选优良的好途径。新城区进行战略研究，最好的办法是公开地向社会招标，有条件的在国际招标，从中选出好的方案和优秀团队。为了更好地选择，为了节约资源和时间，可以先进行总体战略把握（概念）研究的招标，从参选的单位方案中比较，选择好的方案，选择好的团队。然后，聘请其中的优秀单位进行深入、详细的战略研究。
