京杭大运河德州段，由卫运河和南运河组成，全长141公里，其中：卫运河96公里，南运河45公里。上游有漳河、卫河，两河行至馆陶县相汇后称卫运河，自四女寺水利枢纽节制闸至天津段称南运河。
1292年京杭大运河全线贯通，德州被列为四大漕运码头之一，鼎盛时期，年运粮达400-600万石。当时德州仓辖兑69个州县，其中24个县，直接将粮食交到仓口，年货运量、周转量、吞吐量都占各港口之首，运河上“舳舻首尾相衔，密次若鳞甲”。明朝诗人朱德润曾做诗描绘德州运河：“日中贸易群物聚，红氍碧碗堆成山。商人嗜利暮不散，酒楼歌管相喧阗。”
清代中叶，由于海运逐渐兴起，加以黄、淮、运交会处——清口淤塞，河运逐渐衰落。清咸丰五年（1855），黄河在铜瓦厢决口改道后，运河被埋，至清光绪二十八年（1902）漕运全线停止。进入民国后，由于海运发展和铁路的修筑，加上政局的混乱与动荡，德州段运河更趋残破。
1947年初，广华运输公司在德州设立航运办事处，在此基础上，山东省交通厅卫运河航运局于1961年1月27日在德州成立，管辖范围为：南起河南省翟村铺，北至二屯镇的第三店。为保障畅通，德州段运河在1958年和1972年进行了两次大规模的治理，河面宽度达到100米。1959年，德州船运公司船舶达到553只。1963年淘汰木帆船，实现了机轮拖带化，当时机动船舶有33只，2590马力，大大提高了运输效率。运河上的船只以货运为主，只有几次因雨水冲毁公路而奉命进行了代客运输。资料统计，1952年到1965年，德州运河航运局河道运输量为714万吨，最多的1958年，货运量达85万吨。
七十年代末，运河因河道常年干涸而停航，1982年12月31日，卫运河航运局建制撤销，并入山东省公里运输联合公司德州地区分公司。
附：清康熙年间漕船数量表
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编号
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漕帮名
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分帮名
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船只数量
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1
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直隶（3帮）
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通州右所、天津左所
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72
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2
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山东（10.5帮）
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济宁前、济宁后；东昌前、东昌后；临清前、临清后；德州一、二、三；沂州
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815
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3
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苏州府（21帮）
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苏州前、后；淮安一、二、三；扬州头、二、三；江阴前、后；镇江前、后；江淮一至九。
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1629.5
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4
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浙江（21帮）
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嘉白；金衢卫；嘉海卫；嘉兴卫；杭海一至四；处州前、后；绍兴前、后；台州前、后；温州前、后；宁波前、后；湖州头、二、三。
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1634
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5
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常州府（18帮）
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府前一至九；府后一至九；
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1404
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6
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松江府（9帮）
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兴武一至九；
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699
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7
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湖广江西（19帮）
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湖南头、二、三；湖北头、二、三；九府前、后；江西；吉安；广州头、二、三；安抚；抚州；广信；潞州；勇健头、二。
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1482
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8
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安徽（16帮）
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安州前、后；宜州前、后；介阳；舞平前、后；滁州前、后；泗州头、二；双凤头、二；芦州头、二、三。
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1246
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9
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河南（9帮）
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睢宁；沈丘；商水；汝阳；信阳；安山；恩县；固始；光州。
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709
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10
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押护漕帮香火船
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72
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合计
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10大总帮
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123.5帮
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9999.5只
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